Pendant les dernières années de sa vie, Zolli travaille à améliorer les rapports entre l'Eglise catholique et la Synagogue. Quelque temps après son baptême, reçu en audience privée par Pie XII, il lui expose une requête concernant la liturgie du Vendredi Saint où, dans la huitième des grandes oraisons, la prière universelle de l'Eglise qualifie les juifs de perfidis judaeis. L'expression, qui signifie « Juifs incrédules » — ceux qui sont passés à travers la foi, per fidem, sans le savoir, fut trop longtemps mal traduite par « Juifs perfides ». La réforme est entreprise : l'adjectif, qui ne favorisait guère le rapprochement entre juifs et chrétiens, avait déjà disparu du Missel en 1961, à la veille du Concile Vatican II.

La fin de la vie de Zolli se déroule toujours à Rome, partagée entre sa charge de professeur et son travail d'écrivain. Il donne une série de conférences aux Etats-Unis, à l'Université Notre Dame dans l'Indiana en 1953; c'est à cette occasion que des prêtres américains recueillent ses souvenirs qui seront réunis sous une forme autobiographique et publiés en anglais sous le titre Before the dawn.1

Eugenio Zolli meurt le 2 mars 1956. Des dignitaires de l'Eglise le saluèrent comme une âme d'élite; son assistante, Sofia Cavaletti écrivit : « La principale fonction de sa vie était d'enseigner que de l'Ancien au Nouveau Testament, il y a un lent cheminement de l'esprit vers les fins les plus élevées. »

La portée de cette existence va bien au-delà du simple récit des événements. Le lien intime de Zolli avec Dieu le place entre la terre et le ciel : il voit l'histoire des hommes à la fois à l'horizontale et à la verticale. Parmi ses derniers écrits, il constate que « le seul moyen de résister aux forces de destruction et d'entreprendre la reconstruction de l'Europe sera la diffusion du catholicisme, c'est-à-dire de l'idée de Dieu et de la fraternité humaine telle qu'elle fut prêchée par le Christ, et non pas d'une fraternité basée sur la race des surhommes. » De nos jours, on pourrait ajouter celle qui est fondée sur les soi-disant droits de l'homme. « "Il n'y a plus ni juifs ni grecs, écrit Zolli en citant l'Apôtre Paul, ni esclaves ni hommes libres"; nous sommes tous un dans le Christ Jésus. »

Plus qu'un simple témoignage en faveur de Pie XII et de l'Eglise, le message d'Eugenio Zolli fait appel à un renforcement du lien qui unit spirituellement les juifs et les chrétiens depuis toujours. Il dénonce à son époque l'ignorance qui règne aujourd'hui chez les uns et chez les autres, ignorance d'autant plus néfaste qu'elle conduit, par de bons sentiments, des chrétiens à endosser une culpabilité qui appartient plutôt aux païens, et chez les juifs à penser que s'il en est ainsi, c'est parce que ce sont les chrétiens qui ont persécuté les juifs.

Son principe de recherche de la vérité objective peut nous permettre d'ajuster ces jugements lapidaires qui masquent en fait le fond du problème. Si l'Eglise catholique a toujours vu la continuité qui relie l'Ancien et le Nouveau Testament, la Synagogue a considéré le christianisme comme une rupture avec les Ecritures. Les juifs voient donc ces deux Eglises comme consécutives, mais discontinues, et estiment détenir ainsi tout naturellement le privilège de l'ancienneté.