Vous avez raison, beaucoup de règles ne sont pas respectées depuis longtemps, ce qui introduit un certain brouillage. Le 19ème siècle a introduit quantité de bizarreries sentimentalo-illégitimes.

Pourtant la règle existe et a toujours existé. Monsieur Lesage, cérémoniaire de l'archevêque de Paris, commence la définition du choeur, en 1952 dans son dictionnaire de liturgie par :
Le choeur au sens large est la partie de l'église réservée au clergé et interdite aux fidèles.

Qu'il y ait toujours eu des abus en certains endroits, toujours réprimés par des rappels, ne justifie rien. La signature de registres sur un autel est une chose qui semblera normale à ceux qui ne réfléchissent pas à ce qu'est l'autel, tombeau consacré, contenant des reliques de saints, lieu où s'opère quotidiennement le saint sacrifice et qui représente le Christ dans l'église, le saint des saints.

Si l'on s'habitue à le vénérer comme tel, alors on comprendra que ce n'est pas une table, qu'on n'y pose rien qui n'ait rapport direct avec la liturgie, et qu'y accéder est terrible. Si l'on a pu facilement dire la messe sur des tables ordinaires depuis une quarantaine d'années, si le prêtre est souvent à la banquette, c'est sans doute aussi qu'on avait perdu le sens de l'autel.

La signature du registre n'est pas le mariage. Ce n'est pas un acte sacré mais seulement administratif qui doit avoir lieu dans une sacristie. Le fait de le faire à l'autel, sans parler du "sacrilège", semble donner l'importance d'un pacte sacré à un geste qui n'est qu'une régularisation. toutes les grandes églises ont du reste une sacristie des mariages réservée à cet usage (et aussi pour les mariages que l'on ne peut célébrer en public, temps clos et régularisations).

On pourra aussi trouver quantité de contre exemples historiques comme le fait systématiquement JVJ : son seul problème, c'est qu'il a d'excellentes lectures auxquelles il ne comprend rien, ce qui pour moi est un motif d'étonnement au sens étymologique du mot.