Généralement il ne s'assied pas pendant les fonctions, même pendant l'homélie puisqu'il accompagne le célébrant debout à ce moment.
Il est tourné vers le prêtre je pense parce que c'est plus commode pour lui faire un signe discret si nécessaire, pour retirer la barrette par exemple, ou lui poser une question.
Il peut joindre les mains comme tout le monde, mais s'il est amené à claquer des mains, il est plus facile de les conserver de la façon que vous décrivez. Comme les cérémoniaires sont heureux de marquer leur privilège, ils ont pris l'habitude (oh vanité, et j'en suis) de tout le temps garder cette attitude.

Petit rappel, l'intrument dénommé claquoir ne sert qu'à remplacer la clochette aux trois derniers jours de la semaine sainte (on prend parfois aussi la crécelle). Il a servi autrefois de signe pour les enfants dans les chapelles des catéchismes. Si le peu d'habitude du choeur obligeait le cérémoniaire à claquer des mains pour obtenir l'uniformité, ce qui est un pis aller, on peut généralement s'en passer, il doit le faire de manière assez discrète pour n'être entendu que des ministres concernés. L'instrument utilisé pour donner des signes aux fidèles est la clochette et rien d'autre. Soumettre les fidèles au claquoir est digne d'une république bananière, il y a peu de règles strictes pour les fidèles, simplement des convenances. En plus c'est très laid.

Pour ce qui est de se mettre à genoux, le cérémoniaire fait ce qu'il veut, l'important est qu'il soit discret, quasi invisible. Il est d'usage qu'au canon il soit debout à côté du célébrant puisqu'il aide au missel à la messe chantée, remplaçant les ministres sacrés. Il ne se mettra à genoux qu'aux élévations. Le cérémoniaire obéit à son bon sens... liturgique.