Ainsi-soit-il, subjonctif, à valeur d'optatif il me semble, émet un simple souhait, traduit une incertitude liée à la faiblesse humaine.
Amen est affirmatif de la foi, de la confiance en Dieu ; il est plus riche, déterminé, allant de l'avant.
Cela dit, le choix de l'un ou de l'autre n'a aucune incidence sur la valeur de votre prière !