L'état de décomposition de l'Église qui se liquéfie en Allemagne est, hélas, ancien et ne tient pas au statut public des Facultés de théologie catholique.

D'une part, il touche très généralement les diocèses, le Comité central des laïcs, ce qui demeure de militance, les hommes et femmes politiques qui se disent catholiques etc.

D'autre part, des universités privées ne sont pas pour autant une quelconque garantie : voyez donc aux Etats-unis pour ne prendre que cet exemple, lisez les chroniques de Daniel Hamiche qui note fréquemment les multiples déviations et actions ouvertement contraires à la foi qui prospèrent dans des établissements supposés être "catholiques".
On se souviendra que le Père Dupuis sj enseigna de longues années à une encablure des bureaux de la Curie, à Rome même, dans une université pontificale et des plus prestigieuses, la Grégorienne.

Ce qui est en cause c'est que pendant des décennies, les évêques et Rome ont laissé cet état de fait s'installer au point qu'il est devenu aujourd'hui difficile d'y remédier.
Il existe des statuts, des conventions, de nombreux textes qui définissent les rôles des diverses instances hiérarchiques : rien ne serait plus faux que d'imaginer que la Hiérarchie serait sans moyen légal d'agir. Je vous renvoie aux cas Küng et Drewermann par exemple.

Ceci posé, je n'oublie pas la nécessaire liberté académique - indispensable - mais qui pour ce type d'établissement devrait jouer au bénéfice de l'Eglise plus qu'à son détriment. Benoît XVI s'était déclaré attaché à cette liberté, justement comprise, lors de son voyage aux Etats-Unis.