J'y avais pensé mais de toutes façons le nombre n'était déjà pas de trois sur l'ancienne configuration mais deux.

Une marche est un minimum. Mais pour un autel principal où risque d'être célébrée la messe solennelle, trois est recommandé. Non obligé.
La raison en est que le célébrant se tient ordinairement sur le marchepied, le diacre souvent un degré en dessous et le sous-diacre encore un degré plus bas. Mais il n'est pas dit que le sous diacre est in plano.

Dans le cas de cette église, le sous diacre se trouvera donc in plano pendant certaines parties de la messe. Mais pas pour autant in plano par rapport à la nef qui se trouve une marche plus bas encore.

Donc nous ne sommes pas dans la configuaration idéale, mais pas non plus dans une configuration défectueuse.

Il est précisé que le nombre de marches doit être impair. A Saint-Pierre de Rome on se trouve avec sept marches ce qui est justifié par la taille gigantesque de l'autel papal.

Des autels à plus de trois marches sont en général assez déséquilibrés. On peut citer celui de Saint-Eugène, trop haut, celui de Saint-Gilles Saint-Leu à Paris, dément, et fait plus récemment celui de l'Immaculé Conception à Versailles.