La liturgie célébrée par la CSM dépend beaucoup de la manière dont l'apotolat est négocié avec l'Ordinaire du lieu. Il y a bien souvent un fossé assez large entre la liturgie de leur séminaire et la liturgie dans les paroisses, laquelle n'a pratiquement rien à voir avec la forme extraordinaire. S'ils ont du mal à être acceptés dans un diocèse, les instituts Ecclesia Dei n'ont pas cette difficulté.