En 1965, le Concile proposait, entre autres mesures, la disparition du droit des États à présenter (et dans le cas de l’Espagne à nommer) les évêques. Il proclamait le droit de toutes les personnes à la liberté religieuse. Quand le concile Vatican II, dans Dignitatis humanae, déclara la liberté de conscience, les ministres les plus intégristes, parmi eux certains militaires, comme Carrero Blanco, s’opposèrent à toute reconnaissance de cette liberté dans la législation espagnole. Le cardinal Tarancón, archevêque d’Oviedo et par la suite chef de file de l’aile rénovatrice de l’épiscopat espagnol, déclara le 25 novembre 1964 que seulement 25 évêques espagnols sur 80 avaient voté contre le schéma conciliaire sur la liberté religieuse. Franco, peut-être impressionné par ces paroles, donna en 1964 l’assurance suivante dans son discours de fin d’année : « Les Espagnols ne doivent ressentir aucun doute ni aucune inquiétude en ce qui concerne l’exercice d’une liberté de conscience que nous avons pratiquée et que nous souhaitons améliorer conformément aux indications autorisées de notre Mère l’Église. » L’un des évêques opposants, le Navarrais Pildain, ancien député carliste aux Cortès de la République et à l’époque évêque des Canaries, avait affirmé en privé la veille de la clôture du Concile : il aurait mieux valu, avant que les évêques votent la liberté religieuse, que les coupoles de Saint Pierre leur tombent dessus et qu’ils meurent sur place. En juillet 1967, une loi espagnole reconnut la liberté religieuse, non sans avoir essuyé une grande offensive des intégristes qui parvinrent à en rogner les aspects les plus libéraux. Un procureur (représentant aux Cortès) intégriste soutenait que, s’il fallait choisir entre les principes du Mouvement et ceux du Concile, il préférerait opter pour ceux du Mouvement (le parti unique fasciste issu de l’unification de la Phalange et des Requetés, les combattants carlistes).

Le décret sur la liberté religieuse bouleverse les données quant au statut du catholicisme au regard de l’État. Préoccupé de son image à l’extérieur, le gouvernement de Franco prépare une loi civile pour adapter sa législation à cette liberté. Approuvée en 1967, elle est cependant très critiquée par les minorités concernées. Mais c’est bien du côté de l’Église que vient l’initiative. À de nombreuses reprises, le pape Paul VI invite les évêques espagnols à faire preuve d’ouverture sur le monde et la société.