Une première réponse (facile) à cette question est la suivante : même en admettant qu'ils aient parfois violé le droit à la LR, ils étaient de bonne foi et cela les excuse.
Certes, cela s'est déjà vu, mais le contexte est ici tout différent : ces saints inquisiteurs n'ont accepté leur mission qu'à la demande de l'Église, et souvent directement du pape lui-même, comme cela s'est passé lors de la croisade contre les Albigeois. C'est leur façon exemplaire d'accomplir la tâche qui leur a été confiée par l'Église qui leur vaut la canonisation, comme le montre l'exemple de saint Pierre de Vérone.Une autre réponse est plus forte : en fait ce qu'ils ont fait est, en général, compatible avec DH.
Mais justement, c'est ce qui est de plus en plus contesté par Rome, laquelle demande ouvertement pardon pour ce qu'ils ont fait. C'est (par exemple) Jean-Paul II qui, dans sa Lettre apostolique du 6 décembre 1996, reproche à saint Ambroise d'avoir approuvé la destruction d'une synagogue et d'avoir refusé sa reconstruction malgré l'ordre de l'empereur chrétien Théodose, allant même jusqu'à refuser de célébrer la messe si l'empereur ne révoque pas son ordre. Soit dit en passant, la distinction que vous faites ailleurs entre la DH et la déclaration universelle des droits de l'homme n'est apparemment pas non plus perçue par les représentants de l'Église actuelle qui louent indistinctement l'une et l'autre dans leurs discours.)En outre, ces gens-là agissaient-ils "selon leur conscience" ? la phrase "des gens grossiers adoraient encore Apollon, comme les païens d’autrefois" suggère qu'ils étaient officiellement convertis, mais qu'il leur restait des restes des superstitions passées.
Il est vrai que ce n'est pas indiqué clairement dans le récit de saint Grégoire, mais il y a par ailleurs quantité d'épisodes dans la vie de saint Martin de Tours qui le montrent s'opposant à des païens complets, abattant leurs idoles et leurs arbres sacrés, Dieu lui accordant même le don des miracles dans le cadre de cette activité. On voit saint Grégoire conseiller à saint Augustin de Cantorbéry d'agir de la même manière avec les idoles britanniques. Lisez aussi son commentaire de l'adoration des mages, ainsi que celui du cardinal Pie.Plus fondamentalement, il est tout-à-fait inadéquat d'appeler à la rescousse un Docteur de l'Église pour contredire le Magistère !
Bien d'accord avec vous, à ceci près que je ne l'invoque pas ici comme docteur, mais comme un exemple parmi d'autres de saint canonisé pratiquant sans état d'âme ce que DH conteste et ce dont Rome se repent actuellement. Je crois qu'on peut résumer ces quelques exemples (on en trouverait des centaines d'autres) en constatant que l'Église a méconnu et violé pendant vingt siècles le prétendu droit à la liberté religieuse présenté aujourd'hui comme un droit naturel fondamental. Et il paraît inimaginable que le Saint-Esprit ait pu maintenir le magistère dans l'erreur pendant autant de temps. V.